Der Arzt stellt die Diagnose Japanische Enzephalitis anhand eines Nachweises der Virusbestandteile im Blut oder Nervenwasser (Liquor). Dieser gelingt während der aktuten Kranheitsphase durch eine Vervielfältigung des genetischen Materials der Viren (Polymerase Chain Reaction, PCR) oder einer Virenanzucht auf bestimmten Nährböden.

In der Regel ist die Zeit in der das Virus direkt nachgewisen kann (Virämie) nur sehr kurz. Ab dem achten bis zehnten Krankheitstag lassen sich dann spezifische Antikörper gegen das Virus im Blut nachweisen.

Arbeiten mit dem Erreger dürfen nur in Sicherheitslaboratorien der Klasse 3 durchgeführt werden.