Es gibt keine gezielte Therapie gegen die Japanische Enzephalitis. Deshalb werden in erster Linie die Symptome der Erkrankung behandelt. In schweren Fällen ist eine intensivmedizinische Betreuung erforderlich.

Wichtig ist der Schutz vor Mückenstichen. Mittlerweile gibt es auch eine aktive Schutzimpfung, die für Deutschland und Europa zugelassen ist.